Chất bảo quản thực phẩm tự nhiên là chất phụ gia thêm vào thực phẩm, sử dụng phương pháp vật lý lấy từ cơ thể động, thực vật hoặc vi sinh vật, thông qua đánh giá về mức độ độc hại có thể sử dụng an toàn: hoặc là chất phụ gia nhân tạo từ kết cấu hóa học, có tính chất hoàn toàn giống chất bảo quản tự nhiên, thông qua đánh giá về mức độ độc hại có thể sử dụng an toàn.
Hiện nay chất bảo quản có nguồn gốc thực vật chủ yếu gồm có chất pectin phân hủy, agaro oligo sacarit và catechin. Chất pectin phân hủy chủ yếu lấy từ các loại rau quả như táo, nho, cam, quýt, trong các loại thực phẩm và đồ uống có vị chua. Agaro Oligo Sacarit thông thường có trong các thực phẩm như mì sợi, bánh mì và bánh ngọt. Catechin có tác dụng chống oxy hóa tương đối lý tương trong sản phẩm dầu thực vật, cũng có tác dụng ổn định tương đối tốt với sắc tố và vitamin, trong quá trình chế biến thực phẩm thông thường có thể chịu nhiệt và axit, có thể làm tăng tác dụng của vitamin E, hơn nữa lại sử dụng an toàn.
Ngoài ra, các loại hương liệu như hạt rau cải, đinh hương, hồi, quế cũng có tác dụng bảo quản chống khuẩn nhất định.