Một số loại độc tố phát hiện trong hải sản (đặc biệt là loài giáp xác thân mềm) là chất độc cực mạnh, không thể loại bỏ ỏ nhiệt độ nấu ăn thông thường. Những độc tố này bình thường không ảnh hưởng đến bề ngoài, mùi vị của hải sản, nên mang tính tiềm ẩn.
Các độc tố bao gồm: độc tố gây tê liệt (PSP), độc tố gây tiêu chảy (DSP), độc tố liên quan đến thần kinh (NSP), độc tố gây quên lãng (ASP). Điểm chung của các loại độc tố này là chúng không phải do loài giáp xác tự sản sinh ra, mà do vi sinh vật biển sống trên cơ thể giáp xác tạo ra, chúng sinh sôi phát triển và đạt đến mức độ tương đối cao. Con người ăn phải các loài giáp xác có chứa độc tố này có thể dẫn tới các triệu chứng như tê liệt thần kinh, hen suyễn, khó thở,…
Độc tố trong loài giáp xác có độc tính mạnh, phản ứng nhanh, gây nhiều khó khăn cho việc phòng và chữa. Loài giáp xác một khi đã nhiễm phải độc tố, quá trình tự thải độc cần thời gian rất dài, ở một số loài thậm chí phải mất 3 năm trở lên mới thải được hết độc tố. Vì vậy, chúng ta cần biết cách loại bỏ độc tố của loài giáp xác, tốt nhất là cho chúng vào nước sạch để chúng tự thải độc. Các cách loại bỏ độc tố khác có thể áp dụng như kích thích ở nhiệt độ cao, ngâm trong nước muối, tăng nồng độ axit,… Cũng có thể sử dụng chiếu tia tử ngoại, chất khử trùng clo, ozone,… để loại bỏ độc tố. Quá trình nấu nướng thông thường cũng có thể làm giảm độc tố. Vì vậy, khi ăn loại hải sản có vỏ cần phải loại bỏ độc tố rồi luộc hoặc chiên ở nhiệt độ cao.