Độc tố có trong thực phẩm chủ yếu là các chất có nguồn gốc tự nhiên và các chất hóa học tổng hợp nhân tạo. Độc tố’ tự nhiên là các chất độc từ sinh vật và các khoáng chất có độc trong thế giới tự nhiên, thông qua nhiều con đường xâm nhập vào thức ăn gây nguy hại cho cơ thể. Độc tố từ sinh vật thường gặp nhất là nấm. Trong quá trình trao đổi chất, nấm có thể sản sinh ra số lượng lớn các hoạt chất sinh học khác nhau có độc tính đối với cơ thể người và động vật, gọi chung là độc tố nấm. Hiện nay, chúng ta đã biết đến trên 200 loại, trong đó một số loại có khả năng gây ung thư. Độc tố nấm chủ yếu có hai loại, đó là độc tố nấm mốc và độc tố nấm ăn.
Sau khi thức ăn bị nhiễm nấm mốc, các tế bào nấm mốc sinh sôi nảy nở làm cho thức ăn bị mốc, đồng thời tạo ra lượng độc tố lốc gây ngộ độc thực phẩm. Nói chung, độc tố nấm mốc thông thường có dạng sợi. Trong số 18 loại độc tố nấm mốc đã phát hiện được, độc tố men vàng Bj có độc tính mạnh nhất, gấp 68 lần thạch tín, khả năng gây ung thư gan cao gấp 75 lần chất gây ung thư mạnh dimethyl nitrosamine.
Thành phần độc tố từ nấm ăn chủ yếu nằm ở mũ nấm và thân nấm. Trên 90% số vụ tử vong do trúng độc từ nấm ăn có liên quan đến loại độc năm ở các bộ phận này. Muối atropine sulfate là thuốc giải độc chủ yếu khi bị nhiễm độc từ nấm ăn.
Ngoài ra, một số độc tố’ tự nhiên có sẵn trong rau quả như glucoside cyanogenic, phytohemagglutinin, colchicine,…
